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### This is the template for iterations >= 2 of an OEM inversion, part 1.
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### Spectroscopy: ############################################################
tgsDefine { 
   [$Q.RETRIEVAL_TAGS$,$Q.OTHER_TAGS$] 
}
wfs_tgsDefine { 
   [$Q.RETRIEVAL_TAGS$] 
}
lineshapeDefine { 
   shape               = "$Q.LINESHAPE$"
   normalizationfactor = "$Q.LINESHAPE_FACTOR$" 
   cutoff              =  $Q.LINESHAPE_CUTOFF$
} 
linesReadFromArts { 
   filename = "$Q.SPECTRO_DIR$/$Q.LINEFILE$"
   fmin     = 0
   fmax     = 10e18 
}
lines_per_tgCreateFromLines {
}  
#
§qpi_continua



### p_abs ####################################################################
VectorReadBinary( p_abs ) { 
   "" 
}


### Monochromatic frequency grid #############################################
VectorReadAscii( f_mono ) { 
   "$Q.CALCGRIDS_DIR$/$Q.F_MONO$" 
}


### The atmosphere ###########################################################
VectorReadBinary( t_abs ) { 
   "" 
}
VectorReadBinary( z_abs ) { 
   "" 
}
ArrayOfVectorReadBinary( vmrs ) { 
   "" 
}
h2o_absSet {
}
n2_absSet {
}


IF Q.HSE_RETRIEVAL_ON
### Hydrostatic eq. ###########################################################
z_absHydrostaticFromBottom{
   g0    = 9.81
   niter = 2 
}
END


### Absorption ################################################################
IF QE.RECALC_ABS
absCalc {
}
abs_per_tgReduce {
}
ELSE
MatrixReadBinary( abs ) { "" }  
ArrayOfMatrixReadBinary( abs_per_tg ) { "" }  
END


### Refraction ################################################################
IF Q.REFRACTION_ON
IntSet( refr ) {
   value = 1
}
IntSet ( refr_lfac ) { 
   value = $Q.REFR_LFAC$
}
refr_index$Q.REFR_METHOD$ {
}
ELSE
NoRefraction{
}
END


### Emission #################################################################
IntSet( emission ) {
   value = $Q.EMISSION_ON$
}


### The ground ###############################################################
r_geoidStd {
}
NumericSet (z_ground) { 
   value = $Q.GROUND_ALTITUDE$
}
NumericCopyFirstOfVector ( t_ground, t_abs ) { 
}
VectorSetLengthFromVector( e_ground, f_mono ) {
   value = $Q.GROUND_EMISSION$
}


### Observation geometry ######################################################
NumericSet ( z_plat ) { 
   value = $Q.PLATFORM_ALTITUDE$
}
VectorReadBinary ( za_pencil ) { 
   "" 
}
NumericSet ( l_step ) { 
   value = $Q.STEPLENGTH_RTE$ 
}


### LOS and RTE ##############################################################
VectorReadBinary( y_space ) { "" }
losCalc    {}
sourceCalc {}
transCalc  {}
yCalc      {}


### Always save: ##############################################################
VectorWriteBinary( z_abs ) { "" }
LosWriteBinary( los ){ "" }
ArrayOfMatrixWriteBinary( source ) { "" }  
ArrayOfMatrixWriteBinary( trans ) { "" }  
VectorWriteBinary( y ) { "" }


### Save if absorption recalculated: ##########################################
IF QE.RECALC_ABS
MatrixWriteBinary( abs ) { "" }  
ArrayOfMatrixWriteBinary( abs_per_tg ) { "" }  
END