### 
### This is a template to calculate the absorption and spectra corresponding
### to a Q. The following fields of QE must exist:
###    
###    QE.ABS_SAVE    flag to save abs
###    QE.ABS_EXIT    flag to exit after doing absorption


### Spectroscopy: ############################################################
IF isempty(Q.OTHER_TAGS)
tgsDefine { 
   [$Q.RETRIEVAL_TAGS$] 
}
ELSE
tgsDefine { 
   [$Q.RETRIEVAL_TAGS$,$Q.OTHER_TAGS$] 
}
END
wfs_tgsDefine { 
   [] 
}
lineshapeDefine { 
   shape               = "$Q.LINESHAPE$"
   normalizationfactor = "$Q.LINESHAPE_FACTOR$" 
   cutoff              =  $Q.LINESHAPE_CUTOFF$
} 
linesReadFromArts { 
   filename = "$Q.SPECTRO_DIR$$Q.FILESEP$$Q.LINEFILE$"
   fmin     = 0
   fmax     = 10e18 
}
lines_per_tgCreateFromLines {
}  
#
@qpi_continua



### p_abs ####################################################################
VectorReadAscii( p_abs ) { 
   "$Q.CALCGRIDS_DIR$$Q.FILESEP$$Q.P_ABS$" 
}


### Monochromatic frequency grid #############################################
VectorReadAscii( f_mono ) { 
   "$Q.CALCGRIDS_DIR$$Q.FILESEP$$Q.F_MONO$" 
}


### The atmosphere ###########################################################
MatrixReadAscii ( raw_ptz ) { 
   filename = "$Q.APRIORI_PTZ$" 
}
raw_vmrsReadFromScenario {
   basename = "$Q.APRIORI_VMR$" 
}
AtmFromRaw {}
h2o_absSet {
}
n2_absSet {
}


### The geoid ###############################################################
r_geoidStd {
}


### Hydrostatic eq. ###########################################################
IF Q.HSE_IN_ON
hseSet{
   pref  = $Q.HSE_PREF$
   zref  = $Q.HSE_ZREF$
   g0    = 9.81
   niter = 2 }
hseCalc{}
ELSE
hseOff{}
END


### The ground ###############################################################
groundSet{
   z = $Q.GROUND_ALTITUDE$
   e = $Q.GROUND_EMISSION$
}


### Absorption ################################################################
absCalc {
}
IF QE.ABS_SAVE
MatrixWriteBinary( abs ) { "" }
END
IF QE.ABS_EXIT
Exit{}
END
abs_per_tgReduce {
}


### Refraction ################################################################
IF Q.REFRACTION_ON
refrSet{
  on    = 1
  model = "$Q.REFR_METHOD$"
  lfac  = $Q.REFR_LFAC$
}
ELSE
refrOff{}
END
refrCalc{}


### Emission #################################################################
IndexSet( emission ) {
   value = $Q.EMISSION_ON$
}


### Observation geometry ######################################################
NumericSet ( z_plat ) { 
   value = $Q.PLATFORM_ALTITUDE$
}
VectorReadAscii ( za_pencil ) { 
   "$Q.CALCGRIDS_DIR$$Q.FILESEP$$Q.ZA_PENCIL$" 
}
NumericSet ( l_step ) { 
   value = $Q.STEPLENGTH_RTE$ 
}


### LOS and RTE ##############################################################
y_spaceStd { "cbgr" }
losCalc    {}
sourceCalc {}
transCalc  {}
yCalc      {}
VectorWriteBinary( y ) { "" }


IF Q.EMISSION_ON
### Convert to RJ temperatures. ##############################################
yTRJ {}
END


### Save #####################################################################
VectorWriteBinary( y ) { 
   ""
}
VectorWriteBinary( p_abs ) { 
   ""
}
VectorWriteBinary( t_abs ) { 
   ""
}
VectorWriteBinary( z_abs ) { 
   ""
}
MatrixWriteBinary( vmrs ) { 
   ""
}