### 
### This is the template for iterations >= 2 of an OEM inversion, part 1.

### Spectroscopy: ############################################################
IF isempty(Q.OTHER_TAGS)
tgsDefine { 
   [$Q.RETRIEVAL_TAGS$] 
}
END
IF isempty(Q.RETRIEVAL_TAGS)
tgsDefine { 
   [$Q.OTHER_TAGS$] 
}
END
IF ~isempty(Q.OTHER_TAGS) & ~isempty(Q.RETRIEVAL_TAGS)
tgsDefine { 
   [$Q.RETRIEVAL_TAGS$,$Q.OTHER_TAGS$] 
}
END
IF ~isempty(Q.RETRIEVAL_TAGS)
wfs_tgsDefine { 
   [$Q.RETRIEVAL_TAGS$] 
}
ELSE
wfs_tgsDefine { 
   [] 
}
END
lineshapeDefine { 
   shape               = "$Q.LINESHAPE$"
   normalizationfactor = "$Q.LINESHAPE_FACTOR$" 
   cutoff              =  $Q.LINESHAPE_CUTOFF$
} 
linesReadFrom$Q.LINEFORMAT$ { 
   filename = "$Q.SPECTRO_DIR$$Q.FILESEP$$Q.LINEFILE$"
   fmin     = 0
   fmax     = 10e18 
}
lines_per_tgCreateFromLines {
}  
#
@qpi_continua



### p_abs ####################################################################
VectorRead$QE.FORMAT$( p_abs ) { 
   "" 
}


### Monochromatic frequency grid #############################################
VectorRead$QE.FORMAT$ ( f_mono ) { 
   "" 
}


### The atmosphere ###########################################################
VectorRead$QE.FORMAT$( t_abs ) { 
   "" 
}
VectorRead$QE.FORMAT$( z_abs ) { 
   "" 
}
MatrixRead$QE.FORMAT$( vmrs ) { 
   "" 
}
h2o_absSet {
}
n2_absSet {
}


### The ground ###############################################################
r_geoidStd {
}
NumericRead$QE.FORMAT$( z_ground ) { "" }
NumericRead$QE.FORMAT$( t_ground ) { "" }
VectorRead$QE.FORMAT$( e_ground ) { "" }


### Hydrostatic eq. ###########################################################
IF Q.HSE_IN_ON
hseSet{
   pref  = $Q.HSE_PREF$
   zref  = $Q.HSE_ZREF$
   g0    = 9.81
   niter = 2 }
hseCalc{}
ELSE
hseOff{}
END


### Absorption ################################################################
IF QE.RECALC_ABS
absCalc {
}
abs_per_tgReduce {
}
MatrixRead$QE.FORMAT$( abs0 ) { "" }
MatrixMatrixAdd( abs, abs, abs0 ) {}  
ELSE
MatrixRead$QE.FORMAT$( abs ) { "" }  
ArrayOfMatrixRead$QE.FORMAT$( abs_per_tg ) { "" }  
END


### Refraction ################################################################
IF Q.REFRACTION_ON
refrSet{
  on    = 1
  model = "$Q.REFR_METHOD$"
  lfac  = $Q.REFR_LFAC$
}
ELSE
refrOff{}
END
refrCalc{}


### Emission #################################################################
IndexSet( emission ) {
   value = $Q.EMISSION_ON$
}


### Observation geometry ######################################################
NumericSet ( z_plat ) { 
   value = $Q.PLATFORM_ALTITUDE$
}
VectorRead$QE.FORMAT$ ( za_pencil ) { 
   "" 
}
NumericSet ( l_step ) { 
   value = $Q.STEPLENGTH_RTE$ 
}


### LOS and RTE ##############################################################
VectorRead$QE.FORMAT$( y_space ) { "" }
losCalc    {}
sourceCalc {}
transCalc  {}
yCalc      {}



### Store original spectra as y0 (y can be Tb) ################################
VectorCopy ( y0, y ) { 
}


IF Q.EMISSION_ON
### Convert to RJ temperatures. ###############################################
yTRJ {}
END


### Always save: ##############################################################
VectorWrite$QE.FORMAT$( z_abs ) { "" }
VectorWrite$QE.FORMAT$( hse ) { "" }
#LosWrite$QE.FORMAT$( los ){ "" }
ArrayOfMatrixWrite$QE.FORMAT$( source ) { "" }  
ArrayOfMatrixWrite$QE.FORMAT$( trans ) { "" }  
VectorWrite$QE.FORMAT$( y ) { "" }
VectorWrite$QE.FORMAT$( y0 ) { "" }


### Save if absorption recalculated: ##########################################
IF QE.RECALC_ABS
MatrixWrite$QE.FORMAT$( abs ) { "" }  
ArrayOfMatrixWrite$QE.FORMAT$( abs_per_tg ) { "" }  
END